所謂巧克力囊腫並非在囊中長出巧克力，而是囊腫的內容物非常像著名速食店的熱巧，不管顏色或流動性都像，通常長在卵巢也可能長在腹壁，甚至肺部或少見的大腦都有可能，雖說是常見良性腫瘤，但是，也可能有超過1%惡性機率。
    如果超音波加抽血確定診斷或是有明顯經痛症狀而超音波影像報告有懷疑時，即刻手術處理是正確的方式。單純卵巢巧克力囊腫摘除，通常無法保證不復發，術後不做藥物或針劑追加處理半年通常80至90%會復發。如果手術後復發，再次手術需考慮剩餘的卵巢組織是否會萎縮，如果重複兩次手術再復發，需考慮轉化為癌症的可能性這對不孕症或有婦科癌症家族史，必須特別小心。目前的手術，仍以腹腔鏡手術為主流。