所謂卵巢巧克力囊腫，其實就是子宮內膜異位症在卵巢形成一種密閉腔室，這個腔室內襯是一層與原來子宮內膜一模一樣的內膜層，當然也會產生月經，只是這些經血無法排出體外，一次又一次會把這個腔室撐大，而裡面內容物原來是剝落的經血，久而久之，水分被吸收就會形成像麥當勞熱巧克力，甚至像沾粽子的醬油膏般狀濃稠液體，一般人認為只要確實把這囊腫剝離原來卵巢組織，這個病不會再發，至少在這個卵巢上不會再長出一樣的巧克力囊腫，事實上，這樣的想法過度樂觀，除非，非常是非常之小的囊腫就開刀除去，不然，絕大部分的情形與囊腫成長的時間及大小有關，也就是說囊腫的囊袋與正常卵巢組織中間並非疏鬆的附著，而是像大樹長樹根一樣深入正常的卵巢組織，所以說，儘管把囊腫徹底剝離，並且把遺留下來的卵巢剝離面，進行電燒、除去殘留的病灶，仍然無法把這些深入正常卵巢組織的樹根狀內膜異位症病灶清除，手術後，一旦開始有月經，這些剩下來的點狀或樹枝狀的殘留內膜異位症組織，將會重新長出巧克力囊腫，因此，快速決定手術以降低復發率的原因就在這裡。
很多人都認為，一定要大於5公分才是手術開始考慮的時機，就連健保局聘請審核醫師也做如是觀，其實，就是因為小於2公分，臨床上無法使用超音波來確認是否為一般卵泡，所以，大致來講要完全區分是否為巧克力囊腫，在陰道或直腸超音波顯示為2.5公分以上的卵巢囊腫才是手術的考慮時機，只可惜，這麼小的巧克力囊腫就進行腹腔鏡手術，健保局審核醫師或許會有意見，因不鼓勵病人自費，也避免健保局找麻煩，所以大部分的醫師仍然繼續選擇觀察病人囊腫狀況一直到5公分才考慮手術，避免被核刪，這也算是一種無奈，唯一一勞永逸的方法就是把囊腫所在的那一邊卵巢組織全部摘除，但是這樣子看起來感覺是過當處理的方式，絕大部分的醫師也不會選擇這樣的處理，不過屢次復發或是復發造成的嚴重沾黏，根本無法在二次手術之後剝離復發的巧克力囊腫及看似正常的卵巢剩餘組織，加上病人沒有再生育的考量，其實，病灶所在的卵巢全部切除，倒也是種處理方法，可惜的是上天不會這樣善待於人類，連開手術兩次或三次的病患，絕大部分都尚未生產過，也就是說有絕對生育的考量，因為絕大部分專長於腹腔鏡手術的醫師都沒再做人工生殖之技術，所以復發後是否再做第二次或第三次的手術必須與手術醫師諮詢生育的可能性。
只要同一邊卵巢做完兩次巧克力囊腫手術，要在這個卵巢上取到足夠卵子來做試管嬰兒，大概不太可能，因為卵巢不是纖維化就是無法產生卵子，更不幸的是兩、三次巧克力囊腫手術後的卵巢，可能在意想不到的短時間內永遠罷工，也就是「停經」，但這還不是最糟糕的谷底，因為據統計巧克力囊腫有超過百分之一的癌症變化，這些多半是快速復發型，所以巧克力囊腫並不是想像中一般水瘤那麼簡單。
手術當中，除了經驗與技術之外，更重要的是要耐心，別把囊袋撕成許多小碎片，最好是整個剝離，而且，盡量用雙極電燒止血(熱度600°C較小，時間較慢，傷害卵巢較小)，不用單極電燒(熱度瞬間1000°C較高，傷害卵巢較大)，也盡量不要使用單孔、雙孔或三孔腹腔鏡，因使用「四孔」腹腔鏡的好處是操作較為細膩(當然有些病灶微小又無粘黏或是天賦異秉如怪醫黑傑克醫師除外)，並且可以瞬間同時冷水灌注降溫，避免卵巢組織遭熱傷害而致纖維化。
如上圖，為腹腔鏡手術後剝離的巧克力囊腫，吸出之內容物遺留的囊袋，可見長期的慢性出血而導致腫瘤內膜有多處物體狀的咖啡色沉澱，