在沒有DNA檢測的古早時代，診斷全賴醫師的眼睛，看得見就是有事，看不見就是沒事。如果生殖疣的病灶非常小用肉眼是看不見的，除非用放大鏡或陰道鏡。大部分的HPV生殖疣感染無臨床症狀，因為這個理由所以實際的發生率可能比已知的報告多出100倍。已發現的疣有人認為這就只是冰山的一角。

    早期 HPV 的診斷主要是利用 Pap smear（Papanicolaou-stain）子宮抹片檢查，薄層細胞學檢查，將疣狀物作組織切片或生殖道局部粘液涂片，用帕尼科拉染劑染色后，光鏡下觀察到特征性空泡細胞或角化不良細胞和角化過度細胞，可初步人乳頭瘤病毒診斷。也可做HPV DNA 的直接偵測，專一性抗體進行探針測試利用專一的分型引子（primer）進行 PCR 反應，可區分出各型的高危險型 HPV 感染或低危險型的 感染，其分析敏感度可達 10 至 200 個 HPV 的 copy 數，但其缺點是 HPV 的分型太多，必須針對各分型的操作。
 
    HPV病毒不管是用DNA或RNA測試，FDA指示是用於不正常的細胞抹片追蹤以及超過30歲的女性以傳統抹片一起做的時候。2003年3月美國FDA核准雜交捕獲第二型檢查(HC2)高危險群病毒(31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 and 68)，但是這種方式並不能告訴你是哪一型。2011年10月美國FDA核准用RNA方式(Aptima)來偵測病毒，利用自動化的化學螢光分析或流式細胞儀（flow cytometry，都可用於 HPV 的病毒量檢測，可在細胞癌症變化前即可測知。微陣列分析（micro array）：利用微陣列技術，將 HPV 的各分型的探針固著於玻片上，再以受測檢驗的 DNA 進行雜交反應，並以儀器分析出為那一型 HPV 的感染，運用上將較其它方法快速、便利，唯價格上仍較為高。
 
    目前市面上實際的檢測方式有三種，第一種是比較便宜的PCR，大部分的診所因為成本稍低而且能夠告訴病人你到底是哪一型感染，感覺上好像物超所值，事實上它的準確度偏低偽陰性偏高，所以有一好沒兩好。至於一般醫院多半用HC2來檢測，雖然他的準確度高可是它沒辦法告訴你到底是中獎哪一型，儘管臨床上的治療分不分型毫無意義，可是碰到一些硬要追根究柢的病人，認為我付了錢你就應該幫我辦好，對大型醫院來說，這類病人恨在心裡口難開(因為醫院大)，但小醫院的醫生就得倒楣了(因為醫院小)。最近測試病毒開始複製前RNA的方式(Aptima)上市了，固然它有臨床上的積極意義(知道病毒開始要惡性使壞了)，但是只驗這項對於病人有感染但尚未開始病毒複製卻是莫宰羊，因此潛在性的醫療糾紛也在虎視眈眈地等。所以各有優缺點，不過有做總比什麼都沒做好。在重度子宮頸癌前病變的 過程中，HPV病毒的晚發性蛋白 L1及L2幾乎不會表現作用，因 此病毒微粒不會釋放到體外，就 算有也是非常微量。部份的研究指出，有些 HPV 基因的變異會導致 PCR 無法檢測出來，也有少數研究指出因 HPV 的基因融合於腫瘤組織中，使得 PCR 的反應也無法順利 檢出。檢查畢竟是取DNA或RNA的部份去偵測，既然是偵測就會有最低測得濃度的儀器限定，如果身體的抵抗力夠強但是又尚未足夠殺死病毒，此時要說身上完全無病毒，邏輯上也算是自欺欺人。